En el castellano, como en otros idiomas, hay palabras que suenan fonéticamente igual que otras de significado diferente y que se escriben distinto.
En la oralidad, al oírlas podemos no saber cómo se escriben. Por eso es que generan confusiones.
Encima
Se puede utilizar «encima» para significar «en lugar o parte superior con respecto a algo» y «enzima» para referirse a una molécula, pero en ningún caso «en cima» o «ensima» ya que es una incorrección.
Enzima es nombre ambiguo (preferible en femenino: la enzima) que significa «molécula de gran tamaño producida por las células vivas y que actúa como catalizadora en las reacciones químicas del organismo».
A ser, hacer
Para los hispanohablantes de América, donde la ese y la ce tienen la misma pronunciación, el paso de la oralidad a la escritura puede resultar problemático.
«Va a ser» es la perífrasis* verbal «ir a» seguida del verbo «ser»: hoy va a ser un gran día.
«Va a hacer» es la misma perífrasis combinada con el verbo «hacer»: alguien va a hacer la cena.
«Qué va a hacer» es una muletilla con significado similar a «qué sé yo», igual que «¡Que se le va a hacer!» para indicar resignación o conformidad.
*Perífrasis: expresión de más de una palabra que a menudo puede ser expresada con una sola; especialmente la de ciertas formas verbales (adonde, a donde).
No cierto
Al escuchar la expresión «no cierto», de modo interrogativo al final de una oración, suena a la incorrecta «nocierto», que luego puede ser llevada así a la escritura.
Cierto es que una forma adecuada debería ser «¿no es cierto?».
El «nocierto» al final de cada oración es tan usual como impropio que el «a ver…» o el «bueno, nada…» que es común escuchar como expresión inicial de una frase.
Bonus track (propina, bah…)
Error muy común es el uso de adverbios (cerca, detrás, delante, debajo, dentro, encima, enfrente) con adjetivos posesivos. Por tanto, no debe decirse ni escribirse «detrás mío», «debajo suya» sino «detrás de mí», «debajo de ella».